背景介紹：
微衛(wèi)星標(biāo)記（Microsatellite）也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）或簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列。微衛(wèi)星位點(diǎn)通常通過PCR擴(kuò)增和電泳檢測(cè)，并根據(jù)片段大小分離等位基因進(jìn)行分析；擴(kuò)增后的等位基因可以用多種方法檢測(cè)，傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費(fèi)時(shí)費(fèi)力效率低。華科鑒聯(lián)基因科技基于為數(shù)百家客戶提供優(yōu)質(zhì)的微衛(wèi)星（STR/SSR檢測(cè)）分析服務(wù)的經(jīng)驗(yàn)，利用ABI遺傳分析儀對(duì)熒光標(biāo)記的DNA片段進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)合分子量?jī)?nèi)標(biāo)對(duì)目的DNA片段長(zhǎng)度進(jìn)行計(jì)算，使STR分型變得自動(dòng)化、高效、快捷，結(jié)果也更加精確。
項(xiàng)目介紹：
１．微衛(wèi)星(SSR/STR)引物開發(fā)
通過富集微衛(wèi)星序列，開發(fā)出具有一定重復(fù)特征的微衛(wèi)星序列，并且對(duì)序列進(jìn)行多態(tài)性和特異性驗(yàn)證，最 終提交10對(duì)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星引物。
２．微衛(wèi)星（SSR/STR）引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗(yàn)證引物的特異性、擴(kuò)增效率和基因座多態(tài)性等信息。
3．樣本批量擴(kuò)增
用帶有熒光標(biāo)記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對(duì)批量樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增。華科鑒聯(lián)基因科技擁有高通量PCR儀平臺(tái)，可以滿足大量樣本擴(kuò)增需求。
４．ABI測(cè)序儀檢測(cè)
帶有熒光標(biāo)記的PCR產(chǎn)物進(jìn)行稀釋后與分子量?jī)?nèi)標(biāo)混合，用3730xl等測(cè)序儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳，并得到原始數(shù)據(jù)（fsa文件）。
圖2 應(yīng)用3730xl測(cè)序儀檢測(cè)得到的原始圖譜
５．原始數(shù)據(jù)分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測(cè)序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。
各遺傳分析軟件：
1、 Cervus軟件：等位基因數(shù)，觀測(cè)雜合度，期望雜合度，多態(tài)信息含量等
2、 Genepop軟件：是否偏離Hardy-Weinberg平衡，判斷連鎖不平衡位點(diǎn)，評(píng)估種群間遺傳分化指數(shù)
3、 Popgene軟件：基因頻率，等位基因數(shù)，Nei’遺傳多樣性，基因流，遺傳距離，遺傳分化，聚類分析等
4、 ARLEQUIN軟件：AMOVA分析，種群間遺傳分化等
5、 STRUCTURE軟件：種群結(jié)構(gòu)模式
6、 FSTAT軟件：等位基因頻率，等位基因數(shù)，等位基因豐富度，基因多樣性，近交系數(shù)，種群分化等
7、 Bottleneck軟件：種群動(dòng)態(tài)分析
